Selgitatakse: kuidas koronaviiruse (COVID-19) test töötab
Kuidas PCR-test viirust tampooniproovides otsib? Kui kaua sellega aega läheb? Kui palju proove India testib päevas ja kas ta saab testida rohkem? Kui saab, siis miks pole seda veel suurendatud?
India viib praegu läbi kaheetapilise reaalajas PCR-i, et testida SARS-COV-2. (Reuters) Mis on COVID-19 põhjustava uudse koroonaviiruse diagnostiline test?
The India meditsiiniuuringute nõukogu (ICMR) on öelnud, et on määratud laborid kasutab tavapärast reaalajas polümeraasi ahelreaktsiooni (PCR) testi, mis viiakse läbi kurgu tagaosast kogutud tampooniga, alumiste hingamisteede vedelikuprooviga või lihtsa süljeprooviga. Selliseid teste kasutatakse tavaliselt A-, B- ja H1N1-gripiviiruse tuvastamisel.
Mis on PCR-test?
See kasutab tehnikat, mis loob DNA segmendi koopiaid. 'Polümeraas' viitab ensüümidele, mis teevad DNA koopiaid. 'Ahelreaktsioon' on see, kuidas DNA fragmente kopeeritakse eksponentsiaalselt - üks kopeeritakse kaheks, kaks kopeeritakse neljaks ja nii edasi. PCR-tehnika leiutanud Ameerika biokeemik Kary Mullis pälvis 1993. aastal Nobeli keemiaauhinna.
SARS-COV-2 on aga RNA-st koosnev viirus, mis tuleb muuta DNA-ks. Selleks hõlmab tehnika protsessi, mida nimetatakse pöördtranskriptsiooniks. 'Pöördtranskriptaasi' ensüüm muudab RNA DNA-ks. Seejärel tehakse DNA koopiad ja amplifitseeritakse. Fluorestseeruv DNA-d siduv värv, mida nimetatakse sondiks, näitab viiruse olemasolu. Test eristab ka SARS-COV-2 teistest viirustest.
Kui kaua PCR protsess aega võtab?
ICMR-i teadlane dr RR Gangakhedkar ütles, et reaalajas PCR-id on vähendanud proovide testimiseks kuluvat aega 4,5 tunnini võrreldes umbes 6 tunniga. Kuid üldine tööaeg – proovide kogumisest kuni aruande esitamiseni – on umbes 24 tundi ja see peaks olema lühem, ütles ta.
Selgitatud: Viis sammu koroonaviiruse tuvastamiseks
Kuidas testi tehakse Indias?
India viib praegu läbi kaheetapilise reaalajas PCR-i, et testida SARS-COV-2, ütles NIMHANSi vanemprofessor ja neuroviroloogia juht dr V Ravi. Esimene etapp on mõeldud proovis esineda võivate inimese koronaviiruste jaoks ühiste geneetiliste elementide tuvastamiseks. Teine etapp on mõeldud ainult SARS-COV-2 viiruses esinevate spetsiifiliste geenide testimiseks.
Kuni märtsi alguseni, esialgne sõelumine testid mis tahes tüüpi koroonaviiruse kontrollimiseks tegid kõik laborid, kuid kinnitava PCR-i tegi ainult Pune'i riiklik viroloogiainstituut. Seejärel viis NIV Pune tehnoloogia (kinnitamiseks vajalikud reaktiivid) üle kõikidesse laboritesse, et poleks vaja proovi Puneni viia. See on vähendanud proovide testimiseks kuluvat aega, ütles dr Ravi.
Koroonaviiruse testimine: sellel 17. märtsil 2020 tehtud illustratsioonil on koroonaviirusega (COVID-19) märgistatud katseklaasides näha võltsverd. (Reutersi illustratsioon: Dado RuvicO Kas India testib piisavalt numbreid?
India suudab iga päev testida 10 000 proovi ja praegu testitakse umbes 600–700 proovi. Võrdluseks, Lõuna-Korea, millel on sarnane tööaeg, testib väidetavalt kuni 20 000 proovi päevas, eriti kasutades selliseid mudeleid nagu tema läbisõidukatserajatised.
Valitsus väidab, et praeguses etapis ei ole vaja iga inimest testida. Riik katsetab kohordi, mida ta peab praegu testima, ütles dr Gangakhedkar. Kui kasutate lokaliseeritud edastust, siis testime piisavalt. Kui arvate, et levik on kogukonnapõhine, on see teine probleem. Ta ütles, et endiselt pole tõendeid selle kohta, et me ei tea, kuidas indeksjuhtum on selle nakkuse saanud.
Express Explained on nüüd Telegramis. Klõpsake siin, et liituda meie kanaliga (@ieexplained) ja olge kursis viimastega
Me ei taha teha ühtegi valimatut testimist, sest nüüd nõuavad kõik testi. Nii et kuskil peame seda ratsionaliseerima… kuid oluline on ka silma peal hoida, et me ei jääks kogukonna edastamisest ilma, ütles ICMR-i teadlane dr Nivedita Gupta eelmisel nädalal toimunud pressibriifingul.
Milline on strateegia, kui kogukonnas edasikandumine toimub?
ICMR jälgib kõiki kogukonna leviku tõendeid, kusjuures iga India 52 katselaborit testib 20 juhuslikku proovi raske ägeda respiratoorse infektsiooniga (SARI) patsientidest. Nende testide 'esimene lõige' avaldatakse eeldatavasti kolmapäeval. ICMR on öelnud, et juhul, kui nendest seiretestidest selgub kogukonna leviku juhtum, on valitsuse strateegiad täiesti erinevad.
Koroonaviiruse pandeemia: New Delhi haiglas. (PTI foto/fail) Kas testimise suurendamisel on takistusi?
Mõned eksperdid arvavad, et hind on potentsiaalne takistus. ICMR-i ametnikud ütlesid ühel konverentsil, et COVID-19 esmase testi maksumus on 1500 Rs. Kui esimese testi tulemuste kinnitamiseks tuleb teha teine test, on kogumaksumus umbes 5000 Rs. Üks ametnikest oli ka öelnud, et kasutatud sondid, mis on toodud Saksamaalt, on piiravaks teguriks.
Samal ajal kui testimiskeskuste arvu on suurendatud, on kasvanud ka sondide import. Eelmisel nädalal soovis India importida umbes 200 000 sondi, samal ajal kui esmaspäeval ütles dr Gangakhedkar, et valitsus kavatseb importida umbes miljon.
Koroonaviiruse pandeemia: millal testida ja keda
Kas India võiks asju teisiti teha?
India Translational Health Science and Technology Institute tegevdirektori dr Gagandeep Kangi sõnul oli India hakanud tegema täpselt seda, mida soovitati riigis, kuhu haigus imporditi. Kuid riiki saabujate testimine ja järelkontroll ning nende inimeste jälgimine, kellega nad on kokku puutunud, on ratsionaalne ja asjakohane lähenemine, kui ainsaks ohuks on haiguse importimine ning järelkontroll ja testimine oli 100 %, ta ütles.
Kuid mis võib juhtuda, on see, et selle nakkusega võite levida isegi enne sümptomite tekkimist ja väga vähestel juhtudel ei pruugi teil sümptomeid kunagi tekkida, nii et võite selle edasi anda teistele inimestele, teadmata, et olete nakatunud, ütles ta. Ta ütles, et selline keerukus… sunnib mõtlema varustrateegia loomisele, et näha, kas olete tegelikult millestki ilma jäänud. Meil on veel, mida saaksime teha.
Kas ICMR-i seire aitab?
ICMR-i otsus on hea samm, kuid on piirkondi, mille selline õppus siis välja jätaks, ütles dr Kang. Kui testite igal nädalal proove igast gripilaborist, siis kui leiate kasvõi ühe positiivse tulemuse, ütleb see teile, et olete paljust ilma jäänud, ütles ta.
Dr Kangi sõnul on võimalik kasutada matemaatilist modelleerimist, et mõista, mis annaks valitsusele mõistliku võimaluse tuvastada, kas kogukondlik edastamine on juba olemas. Ma arvan, et oleks tore saada selline mudel nagu Singapuril, kus igal arstil, kellel oli kliiniline kahtlus, isegi kui see ei vastanud kirjeldusele, oleks lubatud saata patsient testima, lisas ta.
– Kaunain šerifi M
Jagage Oma Sõpradega:
